Le 9 avril 1994, trois jours après le début du génocide contre les Tutsi, Grégoire de Saint Quentin, conseiller technique du commandant du bataillon para-commando, le major Aloys Ntabakuze, s’est rendu au domicile d’Agathe Kanziga à Kanombe, lui transmettant des directives émanant du président français François Mitterrand, qui avait demandé son évacuation immédiate vers la France.

Kanziga, dont le mari avait péri le 6 avril 1994 lors de la destruction de l’avion présidentiel aux abords de Kigali, fut sommée de se préparer rapidement pour son départ. Elle et son entourage ne disposaient que d’un temps limité pour faire leurs bagages, chaque personne n’étant autorisée qu’à un seul sac et environ trente minutes de préparation.

Vers 15 heures, des soldats français escortèrent Agathe Kanziga et onze membres de sa famille et de son cercle proche jusqu’à l’aéroport international de Kigali.

Parmi les personnes évacuées figuraient ses trois enfants, sa sœur cadette Catherine Mukamusoni et les quatre enfants de cette dernière, ainsi que son gendre Alphonse Ntirivamunda. Ils furent transportés à bord d’un avion militaire C-130.

L’appareil transportait également son cousin Twahirwa Séraphin, qui avait insisté pour être évacué, affirmant être gravement malade. Deux autres familles se trouvaient également à bord.

Selon plusieurs sources, Twahirwa avait déjà organisé sa fuite, en particulier par la conversion de francs rwandais et le transfert d’environ un million de dollars américains vers un compte à la Belgolaise Bank.

Tous quittèrent Kigali à 19 heures à destination de Bangui, en République centrafricaine.

Agathe Kanziga aurait quitté le Rwanda en laissant le pays sous le contrôle du colonel Théoneste Bagosora et de son frère Protais Zigiranyirazo. Des membres de l’« Akazu » auraient accepté son départ, estimant qu’elle reviendrait rapidement une fois la situation « rétablie ».

Ils lui auraient également demandé de continuer à utiliser son nom et son réseau politique et diplomatique afin de soutenir ceux restés au pays dans leurs démarches militaires et politiques.

Il est également rapporté que les forces françaises auraient refusé de transporter le corps de Juvénal Habyarimana, ordonnant qu’il reste à la morgue de l’hôpital militaire de Kanombe.

À Bangui, Agathe Kanziga aurait rencontré une religieuse polonaise, Editha, responsable d’un orphelinat nommé Sainte Agathe à Masaka.

Dans un témoignage marqué par la douleur, la religieuse lui aurait indiqué que des enfants tutsis de l’orphelinat avaient été tués le 7 avril 1994, lui demandant : « Comment avez-vous pu permettre cela ? Les soldats n’auraient pas dû agir ainsi. »

Agathe Kanziga lui aurait répondu de ne pas incriminer les soldats, affirmant qu’ils avaient agi sous le coup de la colère, avant de lui demander de garder le silence sur ces événements.

Par la suite, la famille Kanziga aurait été évacuée de la République centrafricaine vers la France à bord d’un avion d’Air France. À leur arrivée, elle aurait été accueillie avec un bouquet envoyé par François Mitterrand ainsi qu’une aide financière de 35 000 dollars pour faciliter son installation.

Elle aurait ensuite retrouvé ses enfants, Jean-Pierre et Bernard, étudiants en France, ainsi que Marie Rose et Jean Claude, étudiants au Canada.

La famille s’est d’abord installée à l’hôtel Forest Hill à Paris avant de déménager dans un appartement que Juvénal Habyarimana avait récemment acquis dans la capitale française.

L’accueil d’Agathe Kanziga en France a suscité la controverse, et plusieurs responsables français interrogés sur le sujet ont vivement réagi face aux questions des journalistes.

Michel Roussin, alors ministre français de la Coopération, a notamment déclaré : « Nous avions des relations avec un président légalement élu et nous avons évacué sa famille. Il n’est pas normal de reprocher à la France d’avoir agi ainsi. D’autres pays abandonnent des dirigeants avec lesquels ils entretenaient de bonnes relations. Ce que nous avons fait aurait pu les exposer à un danger de mort. »

Agathe Kanziga aurait quitté le Rwanda en anticipant un retour sous peu, pensant que les massacres qu’ils avaient planifiés seraient de courte durée. Toutefois, l’Armée patriotique rwandaise (APR) a poursuivi son offensive, forçant le gouvernement intérimaire à se replier de Kigali à Gitarama, puis à s’exiler au Zaïre (actuelle République démocratique du Congo) après sa défaite.

Agathe Kanziga Habyarimana a fui le Rwanda pour la France avec ses enfants et ses proches, sur la base d’assurances selon lesquelles elle devait rentrer rapidement au pays