Ndayishimiye a indiqué que la population de la région vit convenablement, mais que le problème réside dans ce qu’il qualifie de « mauvais leaders ».

Ndayishimiye a exprimé sa détermination à poursuivre cette lutte jusqu’à ce que les Rwandais exercent eux-mêmes une pression sur leurs dirigeants.

Il a déclaré : « Donc c’est la question régionale, d’abord il y a l’unité des citoyens, je sais qu’il n’y a pas de problème entre les citoyens, ce sont de mauvais leaders, comme dans l’armée on dit qu’il n’y a pas de mauvais troupes, ce sont les officiers qui sont mauvais. Alors à ce moment-là je crois que notre lutte doit continuer jusqu’à ce que le peuple aussi rwandais commence quand même à aussi faire pression, parce que je vois que les jeunes rwandais ne peuvent pas accepter d’être des prisonniers dans la région. »

Cette déclaration souligne sa volonté de contribuer au renversement du gouvernement rwandais, dans le but de « libérer une jeunesse emprisonnée ».

Cette position rejoint celle de son homologue de la République démocratique du Congo, Félix Tshisekedi, qui a également exprimé son désir de remettre en question le gouvernement rwandais.

Ces déclarations ont rapidement suscité des réactions. L’ambassadeur rwandais aux Pays-Bas, Olivier Nduhungirehe, a vivement critiqué les propos de Ndayishimiye, les qualifiant de médiocres.

Il a mentionné : « « Il est inacceptable qu’un Chef d’Etat africain, agissant en sa capacité de "Champion de l’Union Africaine pour l’agenda Jeunesse, Paix et Sécurité" et s’exprimant, non pas sous son drapeau national, mais sous le beau drapeau vert de l’Union africaine, dans une conférence co-sponsorisée par la Commission de l’UA (comme l’atteste son affiche), promet à un peuple africain de l’aider à renverser son gouvernement légitime. »

« Ceci est non seulement un détournement incongru de son mandat lui conféré par ses pairs lors de la Conférence de l’Union africaine en février 2023, mais surtout une violation flagrante de la lettre et de l’esprit de la Charte de notre organisation continentale. »

La tension entre le Rwanda et le Burundi a atteint un nouveau pic à la fin de l’année 2023, suite aux déclarations de Ndayishimiye accusant le Rwanda de soutenir le mouvement RED-Tabara contre son régime. Le Rwanda a fermement nié ces accusations, soulignant son manque d’intérêt à perturber la sécurité du Burundi et rappelant avoir extradé des combattants du RED Tabara, qui avaient illégalement pénétré le territoire, au gouvernement burundais.

Depuis, Ndayishimiye semble avoir formé une alliance avec Tshisekedi, qui a longtemps menacé de renverser le gouvernement rwandais. Cette coalition a été mise en lumière lors de la cérémonie d’investiture de Tshisekedi pour son deuxième mandat. Lors de son arrivée, les journalistes de la Télévision Nationale de la RDC, RTNC, ont souligné que Ndayishimiye était un « grand ami » du pays, unifiant leurs positions sur la question rwandaise.

Des sources fiables indiquent que la relation entre Ndayishimiye et Tshisekedi est renforcée par un engagement financier de la RDC, promettant 5 000 dollars par mois pour chaque soldat burundais présent dans l’Est de la RDC, soutenant l’armée congolaise FARDC dans les affrontements contre le M23.