Ce n’est plus un doute, après que les réfugiés congolais Banyamulenge aient porté plainte contre Agathon Rwasa pour le massacre des 160 Congolais dans un camp de réfugiés situé à Gatumba, près de Bujumbura, le 13 août 2004, la Cour Suprême a mis en examen ce leader historique des FNL(Forces Nationales de Libération) pour « crime contre l’humanité ». Ce que Agathon Rwasa qualifie de persécution toute faite à son encontre.

Agnès Bangiricenge, la porte-parole de la Cour Suprême a confirmé ce jeudi 12 septembre 2013, une mise en examen contre Agathon Rwasa et son ancien porte-parole, Pasteur Habimana pour crime de guerre et crime contre l’humanité. « Des infractions qui ne sont pas couvertes par l’immunité dont ils jouissent jusqu’ici au titre de rebelles burundais ». A travers ces propos de la porte-parole de la Cour Suprême, Agathon Rwasa y voit « un calcul politicien » pour le persécuter en vue de l’éliminer politiquement. D’après le leader historique des FNL, « la Commission d’enquête internationale est la seule compétente pour pouvoir qualifier les crimes de guerre, de génocide et les crimes contre l’humanité. »
Agathon Rwasa explique que si la justice burundaise avait la compétence d’instruire ce dossier, pourquoi a-t-elle attendu jusqu’à maintenant pour instruire ce dossier alors qu’il est ici depuis 2008 ». Ainsi, il fait savoir que ce sont des manœuvres visant à le bâillonner tant qu’il dénonce la mauvaise gouvernance des autorités en place.

Interrogé au sujet de sa probable arrestation, Agathon Rwasa affirme sans ambages qu’il ne serait pas le premier à être traité injustement au Burundi. Mais il ajoute que cela serait loin d’être une solution. En outre, il assure que les burundais ne vont pas endurer trop longtemps ces injustices et appelle la justice à être réellement indépendante et au service des citoyens et non des dirigeants.

C’était au cours d’une conférence de presse que le leader historique des FNL, Agathon Rwasa a animé à son domicile pour réagir à propos de son inculpation par la Cour Suprême du Burundi. Une conférence de presse qui a vu la présence massive de la police autour de la résidence et à l’intérieur, mobilisée d’après ces éléments de police présents, pour empêcher la tenue de cette conférence qui a pourtant continué malgré leur présence.