Quand il prend le pouvoir à Kampala le 26 janvier 1986, vingt cinq pourcent de ses effectifs sont des refugiés rwandais.

Ceci est l’objet de rancœur dans les allés du pouvoir d’autant que les refugiés rwandais occupent des postes clés.

Certains dans l’entourage de Museveni poussent pour soutenir le droit au retour de ces encombrants refugiés rwandais chez eux. Le Front Patriotique Rwandais « FPR » prend naissance dans ce climat.

Se sentant redevables du fait du rôle des rwandais dans l’accession au pouvoir à Kampala, Museveni soutien la guerre de libération du FPR.

Et en juillet 1994, le FPR met fin au génocide contre les tutsis et s’empare du pouvoir à Kigali. Jusqu’en 1999, le Rwanda et l’Uganda paraissent comme des véritables alliés. Comment pourrait-il en être autrement ?

Soutien des refugiés Rwandais à Museveni, soutien de Museveni au FPR, alliance commune contre le régime Mobutu en 1996 puis contre celui de Laurent Désiré Kabila en 1998.

Et en aout 1999 l’impensable se produit : un an après une alliance pour le renversement de Laurent Désiré Kabila en République Démocratique du Congo, les deux armées s’affrontent à Kisangani.

A trois reprises (aout 1999, mai et juin 2000).

Les dissensions croissantes entre Kigali et Kampala qui ont conduit à l’éclatement du Rassemblement Démocratique Congolais « RCD » en deux branches rivales, ont dégénéré en affrontement directs à Kisangani.

Démontrant la supériorité militaire des Rwandais.

Que le sentiment que les Ugandais cantonnent les rwandais dans le rôle de « kadogos » soit un aspect plus psychologique du contentieux est non négligeable.

Ce retournement d’alliance n’est pas un fait du hasard. Il est, en effet, précédé par des accrochages et provocations parfois violents.

Très vite, le différend va muter sur le champ politique.

Lors des élections Présidentielles de mars 2001 en Uganda, Museveni accuse ouvertement le Rwanda de financer son rival Kiiza Besigye. A la même période, une cinquantaine d’officiers supérieurs Ugandais font dissidence et trouvent refuge au Rwanda. Kampala ne fait pas mystère de son soutien aux opposants rwandais. Les ex-FAR sont accueillis à Kampala. Ce que confirment les FDRL.

Des noms des hautes personnalités hostiles circulent dans les médias, en tête le frère de Museveni, Salim Saleh, le ministre Amama Mbabazi et le Général de Brigade James Kazini. Ils ont en commun de vouer Kagame aux gémonies. Mais ils manquent de coordination entre eux, ce qui rend leur force de frappe proche de zéro.

Le 17 octobre 2001, le Rwanda avertit le corps diplomatique accrédité à Kigali de l’intention de l’Uganda d’attaquer le Rwanda dans les quarante huit heures. La tension est à son paroxysme e la méfiance totale.

Le 6 novembre 2001 les deux présidents sont invités à Londres. Clare Short, la ministre britannique de la coopération s’implique personnellement. Et le ballet diplomatique bat son plein. Mais avant de s’envoler, Museveni nomme le Général de Brigade James Lazini, Chef d’état major.

Les ministres de le défense, Amama Mbabazi coté Ugandais et BEM Habyarimana coté Rwandais se retrouvent pour préparer la rencontre au sommet de deux Chefs d’Etat. Elle se tiendra à Kabale le 14 février 2002.

Des pics d’extrêmes tensions se succèdent régulièrement, entrecoupés de périodes d’accalmies apparentes. Mais le spectre de la guerre s’éloigne.

En 2003, Museveni comprend le risque d’un conflit armé à l’issue incertaine et aux conséquences désastreuses.

Sa nouvelle stratégie s’oriente vers la guerre d’usure nourrie de provocations et de tentatives de subversion.

Le 30 mars 2003, l’ancien Ministre de la Défense Rwandais, BEM Habyarimana prend la clé de champs via Kampala. Il y rejoint plusieurs déserteurs Rwandais bien accueillis sur place. Il se résoudra de s’envoler pour l’Europe.

L’année 2003, on assiste à des gestes d’apaisement de part et d’autre. Le 23 septembre 2003, Museveni se rend à l’investiture de Kagame. Ensuite le 7 avril 2004 pour la commémoration des dix ans du génocide contre les tutsis.

Il s’exprime à cette occasion, partiellement en kinyarwanda avec un sens de la formule dont il a le secret. Il fait vibrer l’assistance qui le lui rend bien.Il aura droit à un standing ovation. Il apprécie, l’assistance aussi.

Mais les échanges d’amabilités ne fondent en rien une bonne volonté de réconciliation. Il cache son jeu, sa démarche est factice.