L’organisation ’The African Facts’, spécialisée dans la publication d’informations vérifiées sur l’Afrique, a révélé que les conclusions de son enquête de cinq ans sur la famille Habyarimana démontrent une concordance entre les propos et les actes de Jean-Luc : lui-même, sa mère Agathe Kanziga et d’autres membres de la famille entretiennent des liens étroits avec des membres des FDLR et du CNRD-FLN.

L’enquête a été lancée le 3 juin 2020, après que l’organisation eut observé un autre fils de l’ancien président, Léon Habyarimana, en compagnie de l’ex-secrétaire exécutif des FDLR, Callixte Mbarushimana, lors d’une audience à la cour d’appel de Paris relative à la demande d’extradition de Félicien Kabuga.

Les enquêteurs ont constaté que Léon et Mbarushimana — suspecté d’implication dans le génocide contre les Tutsi de 1994 — conversaient à l’extérieur de la salle d’audience, éveillant des soupçons quant à l’existence d’un lien entre eux. Cette observation a conduit à la collecte d’éléments supplémentaires pour confirmer cette relation.

Dans un rapport d’enquête publié en 2008 sur le rôle de la France dans le génocide contre les Tutsi de 1994, le général-major (Rtd) Paul Rwarakabije a expliqué qu’à l’époque, Agathe Kanziga recevait d’importantes sommes d’argent du service de renseignement français, la DGSE, destinées à soutenir le FDLR, qu’elle remettait ensuite au colonel Aloys Ntiwiragabo, l’un des fondateurs de ce groupe.

Lors d’une perquisition menée en 2016 par la Gendarmerie française au domicile de Kanziga, les enquêteurs ont retrouvé dans son carnet d’adresses le numéro de téléphone du colonel Ntiwiragabo, confirmant qu’ils étaient en contact depuis plus de seize ans. À cette époque, Ntiwiragabo résidait en Orléans, où il vivait depuis 2006.

En 2011, l’épouse de Ntiwiragabo a fondé en Orléans l’Association des Rwandais de l’agglomération orléanaise (ARAO). Depuis 2016, la nièce de Kanziga — Clémentine, fille de Protais Zigiranyirazo — siège au conseil d’administration de cette association. The African Facts a révélé que cinq autres membres de l’ARAO collaborent étroitement avec Kanziga.

Par ailleurs, l’organisation a obtenu des données extraites d’un ordinateur saisi par les enquêteurs français dans l’immeuble où réside Jean-Luc. Parmi ces données figurait un message envoyé par Léon à l’un de ses cousins, faisant référence aux noms « Omar » et « Orléans ». « Omar » était le pseudonyme utilisé par le colonel Ntiwiragabo durant son séjour au Soudan ainsi que lors de la cofondation des FDLR.

Les enquêteurs ont également mis au jour une liste d’invités accompagnée d’un budget, datés de 2012, pour un événement organisé au domicile de la famille Habyarimana. Parmi les convives se trouvaient d’anciens hauts responsables du régime Habyarimana, incluant des personnes condamnées pour des crimes de génocide ainsi que des suspects tels que Jean-Chrysostome Nyirurugo.

Nyirurugo apparaît dans un document de la police belge qui recense les membres chargés de collecter des fonds pour le parti PDR, composante de la coalition MRCD fondée par Paul Rusesabagina. La branche armée du MRCD, le FLN, a mené des attaques aux abords du parc national de Nyungwe en 2018 et 2019, et demeure active dans la forêt de Kibira, au Burundi.

Le carnet d’adresses de Kanziga contenait également le numéro de téléphone du général Janvier Mayanga, haut responsable de l’armée de la République démocratique du Congo, qui a joué un rôle central dans la coordination des opérations entre les forces gouvernementales, les FDLR et la milice Wazalendo — notamment dans le territoire de Masisi.

Le général Mayanga a été un acteur important dans la formation de groupes armés adhérant à une idéologie anti-tutsi, tels que le PARECO, qui a combattu aux côtés de l’armée congolaise contre le CNDP du général Laurent Nkunda, puis contre le M23, à partir de 2006.

Sa coopération avec les FDLR a officiellement été confirmée pour la première fois par des experts de l’ONU en 2008 et 2009, qui ont rapporté qu’il fournissait un soutien actif à ce groupe. Depuis l’apparition du M23 en 2012, son rôle dans le conflit est demeuré prépondérant.

En décembre 2023, le président Félix Tshisekedi a nommé le général Mayanga coordinateur du renseignement au sein de la coalition Wazalendo. Cette dernière venait alors d’être intégrée aux forces de réserve de l’armée congolaise, renforçant ainsi ses liens de collaboration avec les FDLR.

Suite à la prise de Bukavu, dans la province du Sud-Kivu, par le M23 en février 2025, le général Mayanga, plusieurs hauts officiers de la RDC ainsi que des membres de Wazalendo ont fui vers Uvira, où le gouvernement a provisoirement transféré l’administration provinciale.

Début juin 2024, Jean-Luc a effectué un voyage secret à Kinshasa pour rencontrer des proches du président Tshisekedi ainsi que des hauts responsables de la sécurité en RDC. Bien que la nature exacte de cette visite n’ait pas été rendue publique, elle est soupçonnée d’avoir un lien avec un soutien aux FDLR.

Un mois après ce déplacement, la présidence congolaise a annoncé que la RDC envisageait d’accueillir des Rwandais résidant temporairement au Niger, parmi lesquels le capitaine Innocent Sagahutu, qui avait tenté en 2017, sans succès, de rejoindre les FDLR.

Cependant, le gouvernement congolais a finalement abandonné ce projet suite à la fuite d’un document officiel — signé par le directeur de cabinet du président, Antony Nkinzo Kamole — validant cet arrangement.

African Facts révèle que l’épouse d’Habyarimana collabore avec Ntiwiragabo, l’un des fondateurs des FDLR

Jean-Luc a effectué un voyage secret à Kinshasa pour rencontrer des personnes proches du président Tshisekedi ainsi que de hauts responsables de la sécurité en RDC

La conversation entre Callixte Mbarushimana et Léon à la cour d’appel de Paris a conduit à cette enquête