Dr Nimuraba avait pris la tête de la CNIDH en 2019, sous la présidence de Pierre Nkurunziza. Avec l’arrivée de Ndayishimiye au pouvoir en juin 2020, une relation d’amitié solide s’est rapidement tissée entre les deux hommes.
Des sources rapportent que le Dr Nimuraba avait un accès régulier au bureau du président, et que ses demandes étaient systématiquement prises en considération.. Cette proximité allait au-delà de ses fonctions officielles et comprenait des liens étroits avec des membres influents du Service national de renseignement (SNR), notamment son directeur, le général de division Ildephonse Habarurema, une institution régulièrement accusée d’implication dans des enlèvements.
Cette relation d’influence aurait conduit Dr. Nimuraba à passer sous silence certains cas d’enlèvements ou de détentions illégales dans les locaux du SNR.
Selon le média francais "RFI", qui a rapporté ces faits ce 24 avril 2025, les relations entre Dr. Nimuraba et les autorités burundaises se sont tendues en janvier dernier, à la suite de la publication par la CNIDH d’un rapport jugé critique par le pouvoir sur la situation des droits de l’homme en 2024.
Ce rapport, qui recense 429 cas de violations des droits de l’homme, a valu au Dr Sixte-Vigny Nimuraba une reconnaissance internationale, tout en signant le début de ses déboires au Burundi.
Visiblement mécontent du rapport, le président de l’Assemblée nationale, Gélase-Daniel Ndabirabe, a fermement dénoncé le document, l’accusant de nuire à l’image du pays et viser injustement le gouvernement.
Un climat de tension s’est alors installé au sein de la commission. Trois des sept commissaires ont adressé une lettre à Gélase-Daniel Ndabirabe pour accuser le Dr Nimuraba d’avoir détourné des fonds publics à hauteur de plus de 1,12 milliard de francs burundais sur une période de deux ans.
La semaine dernière, il a été déchu de son passeport de service, ne conservant que son passeport ordinaire. Son domicile a également été perquisitionné par la police, sur instruction présumée du président Ndayishimiye.
Par souci de sécurité, le Dr Nimuraba a quitté le pays avec l’ensemble de sa famille et a engagé des procédures de demande d’asile.

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